Posto che un impianto fotovoltaico non aumenta le probabilità di fulminazione, i moduli solari e l’inverter non sono più a rischio di utenze di altro tipo collegate alla rete. In tal senso, l'unico aiuto può essere costituito dall'inserimento in un impianto parafulmini esterno. Al contrario, sono più frequenti i casi di impatto indiretto o ravvicinato, in cui una parte della corrente del fulmine scorre attraverso l'installazione elettrica oppure una sovratensione viene indotta in tale sede. In questo caso una protezione da sovratensione graduata (parafulmini interno), posta nel punto di alimentazione della rete o sul generatore fotovoltaico, può ridurre enormemente il pericolo di danni. La messa a terra dei telai che sorreggono i moduli solari e della struttura sottostante generalmente non è obbligatoria, ma è consigliata. Se sull'edificio è installato un impianto parafulmini, deve essere collegato ai moduli solari e alla struttura sottostante. In ogni caso, si consiglia di installare un sistema di protezione adeguato, anche a fronte di eventuali premi assicurativi.